يولي الجونة اهتمامًا كبيرًا بقطاع الناشئين، باعتباره أحد الركائز الأساسية في استراتيجية النادي طويلة المدى. ويهدف القطاع إلى اكتشاف المواهب الشابة وتنميتها فنيًا وبدنيًا، وفق أسس تدريبية حديثة تعتمد على الانضباط وبناء اللاعب بشكل متكامل.
ويضم قطاع الناشئين بالجونة عدة فئات عمرية مختلفة، تعمل تحت إشراف أجهزة فنية مؤهلة، مع توفير بيئة تدريبية مناسبة وملاعب مجهزة داخل مدينة الجونة. ونجح القطاع على مدار السنوات الماضية في تصعيد عدد من اللاعبين إلى الفريق الأول، إلى جانب رفد الكرة المصرية بمواهب واعدة، ما يعكس فلسفة النادي القائمة على التطوير والاستدامة.