بدأ نادي الجونة مشواره في مسابقات الدوري المصري خلال موسم 2003–2004 بالمشاركة في دوري الدرجة الرابعة، ونجح في موسمه الأول في التتويج بالبطولة وتحقيق الصعود إلى دوري الدرجة الثالثة. وواصل الفريق مسيرته التصاعدية في موسم 2004–2005، حيث كرر الإنجاز ذاته وتوج ببطولة الدرجة الثالثة ليصعد إلى دوري الدرجة الثانية.
وفي موسم 2008–2009 من دوري الدرجة الثانية، تمكن الجونة من تحقيق إنجاز تاريخي بالصعود إلى الدوري المصري الممتاز للمرة الأولى في تاريخه، ليبدأ مرحلة جديدة بين أندية القمة.
وخلال موسم 2017–2018، أنهى الفريق مشواره متصدرًا لدوري الدرجة الثانية (المجموعة الأولى)، بعد فوزه خارج ملعبه على فريق السلام بهدف دون رد يوم 11 أبريل 2018، ليضمن عودته إلى الدوري الممتاز للمرة الخامسة في تاريخه، بعدما سبق له خوض أربع مواسم في دوري الأضواء، كان آخرها موسم 2014–2015.
وفي موسم 2022–2023، نجح نادي الجونة في تحقيق الصعود مجددًا إلى الدوري المصري الممتاز، بعد موسم واحد فقط قضاه في دوري الدرجة الثانية، مؤكدًا قدرته على العودة السريعة والمنافسة بين الكبار.